يكي از دلايل تفاوت در شمارهگذاري مربوط به آية "بسم الله الرحمن الرحيم" است.
به عقيدة شيعه "بسم اللّه الرّحمن الرّحيم" آيهاي مستقل است؛(البيان، آيتاللّه العظمي خويي؛، منشورات انوارالهدي، ص 438 ـ 443.) ولي بعضي از علماي اهل تسنّن آن را يك آيه مستقل نميدانند، از اين رو در شمارهگذاري آيات نزد آنها "بسم اللّه" آيهاي مستقل محسوب نشده است
. قرآني كه در ايران و با خط استاد مصباح زاده، نشر مؤسسة محمدعلي علمي، 1337 شمسي، نوشته شده است، در اغلب سورههايي كه با حروف مقطعه آغاز نشدهاند، "بسمالله" آيهاي مستقل محسوب شده است، ولي در يكي از قرآنهايي كه در پاكستان چاپ شده است، حتي "بسم اللّه" در سوره حمد نيز آية مستقلي محسوب نشده است.
تذكر اين نكته لازم است كه چون ترتيب آيات قرآن توقيفي بوده و به دستور پيامبراكرمانجام شده است، اختلاف در شمارهگذاري آيات كه پس از دوران پيامبر انجام شده، چيزي از اهميّت قرآن نميكاهد؛ يعني عددها و شمارههاي آيات از خود قرآن نيست بنابراين حتي افرادي كه "بسم اللّه" را در ابتداي سورههاي قرآن آيهاي مستقل نميدانند، ترديدي ندارند كه، با هر سوره "بسم اللّه" مستقلي نيز نازل شده و آنچه در ميان امت ماست، همان قرآني است كه بر پيامبر نازل شده است. ديگر اينكه در حال حاضر در همة كشورها سعي ميشود شماره گذاري آيات هماهنگ باشد.