تفسير جوانه‌هاي تفسير موضوعي پيش از هرچيز در خود قرآن ديده مي‌شود، زيرا دستور قرآن در زمينه تفسير آيات متشابه به وسيله آيات محكم‌، نوعي از تفسير موضوعي است‌. سپس در سخنان امامان‌: نمونه‌هاي فراواني آمده كه شيوه گردآوري آيه‌هاي مربوط به يك موضوع و جمع‌بندي و استفاده از آن‌ها را به ما آموخته است‌. در كلمات دانشمندان اسلامي تفسير موضوعي به صورت مقطعي و بر محور موضوعات خاص بسيار ديده مي‌شود، ولي تفسير موضوعي را بر تمام محورها مطرح نكرده‌اند. از كساني كه در اين موضوع پيشگام بوده است‌، علامه مجلسي در كتاب "بحارالانوار" است كه در هر فصل آيه‌هاي مربوط به آن را جمع آوري كرده است‌. از نمونه‌هاي ديگر از تفسير موضوعي در گذشته‌، كتاب‌هايي است كه با عنوان "آيات الاحكام‌" نوشته شده است‌. نخستين كتاب در اين باره‌، كتاب "احكام القرآن‌" تأليف محمد بن صائب كلبي است (متوفاي 146 ق‌) تفاسير موضوعي نسبتاً جامع و فراگير و مستقل‌، در قرن كنوني رايج گشته است و دانشمنداني در اين زمينه آثار ارزشمندي ارائه كرده‌اند؛ مانند: مفاهيم القرآن و منشور جاويد، تأليف آيت الله جعفر سبحاني‌، پيام قرآن‌، تأليف آيت الله مكارم شيرازي‌، تفسير موضوعي‌، تأليف آيت الله جوادي آملي‌، معارف قرآن‌، تأليف آيت الله مصباح يزدي و... انواع تفسير موضوعي به دو بخش كلي تقسيم مي‌شود: 1. تفاسير موضوعي تك بعدي‌؛ تفاسيري كه يك موضوع خاص را در قرآن پي‌گيري كرده‌اند، مانند آيات الاحكام كه تنها احكام فقهي مطرح شده در قرآن را مورد بررسي قرار داده‌اند، تاريخ و قصص قرآن كه داستان پيامبران و داستان‌هاي قرآني را جمع‌آوري كرده‌اند، اخلاق در قرآن كه آيه‌هاي اخلاقي را گردآوري نموده‌اند و... 2. تفاسير جامع و فراگير؛ تفاسيري كه موضوعات گوناگون را مورد بررسي قرار داده‌اند.(ر.ك‌: تفسير و مفسران‌، آيت الله محمدهادي معرفت‌، ج 2، ص 530 ـ 531 ؛ مؤسسه فرهنگي التمهيد، پيام قرآن‌، آيت الله مكارم شيرازي و ديگران‌، ج‌، ص 23 ـ 29، دار الكتب الاسلاميه‌.)