در تعداد آيات سوره كوثر اختلافى نيست، و به اتفاق آرأ داراى سه آيه است.( شناخت سورههاى قرآن، هاشم هاشمزاده هريسى ، ص 612، انتشارات كتاب خانه صدر تهران. )
"بسم اللّه الرحمن الرحيم" فقط در سوره حمد يك آيه مستقل شمرده شده است، در سورههاى ديگر آيه مستقل به شمار نمى آيد و جزء آيه اول محسوب مى شود. البته در جزء بودن يا نبودن "بسمالله..." سه قول عمده وجود دارد:
1. برخى از اهل تسنن و مالك و ابوعمرو و... مى گويند كه جزء هيچ سورهاى نيست و تنها براى اوايل سورهها تيمناً نازل گشته است؛
2. برخى از پيروان مسلك شافعى و حمزه قايل به تفصيلند و مى گويند: تنها در سوره حمد جزء سوره است؛ ولى در سورههاى ديگر نيست؛
3. شيعيان بالاتفاق و برخى از اهل تسنن (جلالالدين سيوطى ، ابنمبارك و...) مى گويند: "بسمالله..." جزء تمام سورهها به جز "توبه" مى باشد به دليل:
1. احاديث اهلبيت: كه صحيحه و در حد تواتر است تا آنجا كه فرمودهاند: خداى بكشد كسانى را كه بزرگترين آيه از آيات قرآنرا از قرآن حذف كردهاند؛ به عنوان نمونه، حديثى نقل مى شود:
"عن يحيى بن ابى عمران الهمدانى قال: "كتبتُ الى ابى جعفر(ع) جُعلت فداك ما تقول فى رجل ابتدأ: بسم الله الرحمن الرحيم فى صلاته وحده فى ام الكتاب فلما صار الى غير امّالكتاب من السوره تركها؟ فقال العباسى ليس لذلك بأس، فكتب بخطه: يعيدها ـ مرتين ـ على رغم انفه، يعنى العباسى "( الكافى ، كلينى ، ج 3، ص 312، دارالكتب الاسلاميه. ) "يحيى بن عمران همدانى مى گويد: به امام باقر(ع)نوشتم: جانم به فدايت! چه مى گويى درباره مردى كه در نمازش فقط در سوره حمد بسم اللّه الرحمن الرحيم مى گويد: و در بقيه سورهها نمى گويد؟ عباسى مى گويد: اشكال ندارد. امام باقر(ع) به خط خودش در جواب نوشت: نمازش را اعاده كند (و اين جمله را دو بار تكرار نمود). بر خلاف نظر عباسى .
2. روايات اهلسنت كه روايات بسيارى از طريق آنها از پيامبر نقل شده كه بسمالله جزء سورههاست؛ مثلاً انس مى گويد:
روزى پيش حضرت رسولاكرم بوديم...؛ سپس با تبسم فرمود: لحظهاى قبل، سورهاى بر من نازل شد؛ پس (بسمالله الرحمن الرحيم، انا اعطينَك الكوثر...) را خواندند.
3. سيره مسلمانان، خواندن بسمالله در ابتداى سورهها به جز توبه بوده و با تواتر ثابت شده است كه پيامبر گرامى هم آن را در ابتداى سورهها مى خواندند. اگر بسمالله جزء قرآن نبود، بايد پيامبر كه در مقام بيان بودند، تصريح مى كردند كه جزء قرآن و سورهها نيست تا اغرأ به جهل لازم نيايد.
4. مصحفهاى تابعين و صحابه ـ قبل از عثمان و بعد از او ـ مشتمل بر بسمالله بوده است؛ حال اگر بسمالله جزء قرآن نبود، نبايد آن را در مصاحف مى نوشتند. با توجه به اينكه تأكيد شده بود چيزى كه از قرآن نيست، نبايد در آن گنجانده شود؛ بنابراين، وجود بسمالله در قرآنها دليل بر اين است كه اين آيه، مثل آيات ديگرى كه در قرآن تكرار شدهاند، جزء قرآن است.( البيان فى تفسير القرآن، آيتالله خوئى ، ص 440، انتشارات انوارالهدى ، الاتقان، سيوطى ، ترجمه: سيدمهدى حائرى قزوينى ، ص 255، انتشارات اميركبير.)