مصحف علي به ترتيب نزول آيات نگاشته شده و برخي از ويژگيهاي آن عبارت بود از:
1ـ ترتيب دقيق موضوع، بر حسب ترتيبِ نزول؛
2ـ ضبط قرائت آن، همانگونه كه پيامبر(ص) حرف به حرف، قرائت كرده است؛
3ـ در برداشتن توضيحاتي در حاشيه و ذكر مناسبتي كه موجب نزول آيه بوده؛ مكاني كه آيه در آنجا نازل شده، ساعت نزول آن، و افرادي كه آيه دربارة آنان نازل شده است؛
4ـ تشريح جوانب عمومي آيات، به گونهاي كه به زمان، مكان و شخص معيّني اختصاص ندارد و عام و هميشگي است.(آموزش علوم قرآن، محمدهادي معرفت، ج 1، ص 349، ترجمة ابومحمد وكيلي، نشر سازمان تبليغات اسلامي، 1371. )
به نظر عدهاي از محققان و محدثان شيعه، مصحف عليبه عنوان سپردة امامت، به فرزندش امامحسن مجتبيو بتدريج به عنوان ميراث امامت، از امامي به امام ديگر منتقل گشته و سرانجام، در اختيار امام زمانغ قرار گرفته است، كه پس از ظهور خود، آن را به مردم ارائه خواهد فرمود و به طور مسلّم متن و محتواي آن (منهاي ترتيب سور آن) هيچ تفاوتي با قرآن موجود ندارد.(تاريخ قرآن، دكتر راميار، ص 410 ـ 413.)